De nombreux allergènes se complexent naturellement à des ligands variés (lipides et dérivés, flavonoïdes) et les travaux s’accumulent sur l’effet modulateur de ces ligands sur la stabilité, l’allergénicité ou le pouvoir adjuvant des allergènes. A côté de ces effets directs liés à des modifications structurales des allergènes, ces ligands peuvent exercer des effets indirects sur les mécanismes de la réponse allergique ou associés à cette réponse (sensibilisation, inflammation, immunité innée). Ces effets seront illustrés sur des nsLTP (Pru p 3, Jug r 3), des PR-10 Bet v 1-like (Ara h 8), des protéines cargo (Bla g 1), des lipocalines (Bos d 5), des protéines de transport des stérols (Der p 2) ou des acides gras (Der p 13).